BPSH telah melaksanakan Sistem Pengurusan Kualiti berasaskan MS ISO 9001:2000 sejak tahun 2006 bagi skop Penempatan dan Pertukaran Guru serta penempatan murid tingkatan satu dan empat di Sekolah Berasrama Penuh. Sistem dan skop yang sama turut dilaksanakan di semua Jabatan Pelajaran Negeri dan Pejabat Pelajaran Daerah di seluruh negara. Pada tahun ini
pasukan audit dalam telah melaksanakan tugas pengauditan mulai 5 Mei hingga 28 Jun 2008 di semua 117 lokasi. Mesyuarat Kajian Semula Pengurusan pula telah diadakan pada 29 Oktober 2008 dan dipengerusikan oleh Y.Bhg. Dato' Hajah Noor Rezan binti Bapoo Hashim, Timbalan Ketua Pengarah Pelajaran Malaysia (Operasi Pendidikan). Mesyuarat ini bertujuan bagi memastikan sistem kualiti yang dilaksanakan terus sesuai, mencukupi dan berkesan. Kajian semula ini juga meliputi penilaian ke atas peluang-peluang penambahbaikan dan keperluan perubahan kepada sistem pengurusan kualiti termasuk dasar kualiti dan objektif-objektif kualiti.
Pihak SIRIM QAS yang diketuai oleh Puan Hajah Fauziah Sulaiman dan dibantu oleh En. Maseri Saleh telah menjalankan Audit Pemantauan Kedua di BPSH , Jabatan Pelajaran Negeri Johor, Jabatan Pelajaran Wilayah Persekutuan Labuan dan Jabatan Pelajaran Negeri Pulau Pinang mulai 17 hingga 26 November 2008. Dalam mesyuarat penutup audit pemantauan kedua pada 26 November 2008, pihak SIRIM QAS telah memperakukan bahawa BPSH dapat mengekalkan persijilan MS ISO 9001:2000. Mulai tahun 2009, BPSH bersama Bahagian-Bahagian di bawah Sektor Operasi Pendidikan akan berusaha melaksanakan MSISO versi 2008.